Als Sohn des Landschaftsmalers Carl Morgenstern wird Friedrich Ernst Morgenstern im Jahr 1853 in Frankfurt am Main geboren.
Der junge Morgerstern widmet sich zunächst einer kaufmännischen Lehre, die er jedoch kurze Zeit später abbricht. Im Jahr 1872 begibt sich Friedrich Ernst Morgenstern nach Paris, um sich im Malen schulen zu lassen.. Noch 1872 kehrt er zurück nach Frankfurt und beginnt dort bis 1887 Malstudien bei Johann Heinrich Hasselhorst, Gustav Kaupert und Eduard von Steinle am Städelschen Kunstinstitut, zu belegen. Nebenher hilft Friedrich Ernst Morgenstern im väterlichen Atelier aus und orientiert sich an dessen Stil, sein Oeuvre umfasst Landschaften und Veduten. Für zahlreiche Studienreisen begibt sich der junge Morgenstern nach Holland, Belgien, Frankreich, Italien, England und Schottland. Im Jahr 1893, nach dem Tod seines Vaters, gelingt es Friedrich Ernst Morgenstern einen eigenen impressionistischen Stil und eine neue künstlerische Ausdruckkraft zu finden. Er gehörte nicht unmittelbar zur Kronberger Malerkolonie, jedoch steht Friedrich Ernst Morgenstern in freundschaftlichem Kontakt zu den Künstlern der Taunusstadt, ein Beweggrund, der schon seinen Vater und Großvater zu zeitweiligen Besuchen in Kronberg weilen lassen haben. Der jüngste und zugleich letzte Vertreter der Frankfurter Malerdynastie, Friedrich Ernst Morgenstern, verstirbt im Jahr 1919 in Frankfurt am Main.